Если связка nginx+apache то проверить работает ли apache

как вариант, также увеличить время выполнения процессов apache/php

Будет более понятно, если Вы сообщите, какой услугой Вы пользуетесь.
Хостинг у Вас или сервер? Так как на хостинге Вы с подобной проблемой сделать ничего не сможете.

Самый верный вариант - посмотреть логи веб-сервера.