Зайти на сервер по SSH. Попробовать выполнить команду "mc". Если этот файловый менеджер установлен, то подняться к корневой директории и нажать Ctrl+пробел. Это сочетание клавиш для подсчета размера всех каталогов на текущем уровне.

Или можно выполнить "du / | sort -rn | less". Выведутся каталоги всех уровней отсортированные по убыванию размера в килобайтах.

Вот только шелл не у всех есть.
Обратитесь к хостеру они сделают список папок с размерами.
Либо точнее изучите менеджер файлов в панели хостинга, у некоторых хостеров есть функция вывода занятости каталогов.

Скорее всего логи

тотал , опус и фригат показывают размеры папок. У всех есть фтп.
Самые крутые опус и фригат. Фригат график строит. А опус вообще сортирует.
Даже по к-ву файлов в папках сортировать умеет.

в тотале размер папок вид\самый низ. или альт+шифт+ентер

Палю супер прогу ncdu, которая позволяет считать размер папок с ncurses интерфейсом. Естественно нужен доступ по ssh, но штука удобная.

Статья по теме как определить свободное место на VPS сервере https://shneider-host.ru/blog/kak-oprede...