phpinfo() показывает, что Eaccelarotor'у отведено 32 Мб и сейчас занято 10 Мб. При этом в папке на диске, отведенной под кеш Eaccelerator'а уже 60 Мб.

Пробовал выставлять eaccelerator.shm_only = "1" и eaccelerator.content = "shm", всё безрезультатно.

Почему при достаточном количестве доступной памяти Eaccelerator ничего в ней не хранит?

Прежде всего речь о php-скриптах, которые инклудятся другими скриптами. Может быть как-то влияют заголовки no-cache? Или может Eaccelerator эти маленькие кусочки отдельно не хранит, а хранит только результаты склейки?